The Problems of the Genetic Networks inference from Large-Scale Gene Expression Datasets.

Аlexander V. Spirov: The Problems of the Genetic Networks inference from Large-Scale Gene Expression Datasets CSIT 2000 : 271-276

Abstract

Моделирование кинетики активации генных сетей становится одной из актуальных задач современной вычислительной биологии. Суть проблемы заключается в необходимости решения обратной задачи нахождения параметров системы кинетических уравнений частных производных по имеющимся экспериментальным кривым кинетики активации генов сети. Задачу подбора параметров такой системы уравнений в общем виде решают эвристическими методами оптимизации. Для решения этой задачи в приложении к массивным данным по экспрессии сотен генов одинаково важны как вопросы моделирования кинетики генного ансамбля, так и вопросы размещения, пополнения и выдачи экспериментальных данных в специализированных базах данных. В этом сообщении обсуждаются подходы к решению обратной задачи методами оптимизации наряду с результатами и перспективами разработки интерактивных молекулярно-генетических баз данных. Рассматриваются перспективы объединения имеющихся и разрабатываемых программных средств и баз/банков данных в единую оболочку.

Copyright © 2000 by the Institute for Contemporary Education "JurInfoR-MSU". Permission to copy without fee all or part of this material is granted provided that the copies are not made or distributed for direct commercial advantage, the CSIT copyright notice and the title of the publication and its date appear, and notice is given that copying is by permission of the Institute for Contemporary Education JMSUICE. To copy otherwise, or to republish, requires a fee and/or special permission from the JMSUICE.

Printed Edition

Heinz Schweppe and Yuri S. Kabalnov (Eds.): CSIT'2000, Proceedings of 2nd International Workshop on Computer Science and Information Technologies, September 18-23, 2000, Ufa, Russia. USATU Publishers & JurInfoR-MSU Publishing 2000, ISBN 5-86911-312-1

Electronic Edition